Les céréales représentent plus de 60% de la surface agricole utile (SAU) de la région Alsacienne. Le maïs est la culture prédominante avec 44% de la SAU, suivi par le blé tendre avec 14%. Le maïs est une culture historiquement prédominante dans la région et notamment dans la plaine, du fait de conditions pédoclimatiques et d'une disponibilité en eau permettant de très bons rendements, généralement supérieurs aux moyennes nationales. Cette forte spécialisation, accompagnée de rotations courtes, peut augmenter les pressions de maladies, adventices et ravageurs, et concourir à la diminution des taux de matière organique des sols. Pour compenser ces effets, les exploitants sont ainsi être amenés à utiliser des produits phytosanitaires et des apports récurrents d'azote, qui altèrent la qualité des captages d'eau. De plus, dans le cas particulier du maïs grain, la récolte plus tardive rend l'implantation de cultures intermédiaires plus difficile. Les sols nus sont alors propices à la lixiviation du nitrate vers les eaux souterraines. Face à la situation alarmante de la qualité des captages, des changements de pratiques ont eu lieu afin de réduire les résidus de pesticides et la présence de nitrates. Les agriculteurs ont ainsi contractualisé des MAET pour réduire l'utilisation de pesticides sur les cultures et ont amélioré leur gestion de l'azote. Toutefois, ces changements de pratiques sont encore insuffisants et ne permettent pas d'atteindre les objectifs de la Directive Cadre Européenne sur l'Eau. La mise en place d'actions à l'échelle du territoire, impliquant l'ensemble des acteurs et soutenant des filières économiquement attractives et favorables à la qualité de la ressource en eau (agriculture biologique et cultures bas-intrants), permettrait d'initier des changements de pratiques pérennes et non dépendants de l'existence de subventions tout en assurant un intérêt économique pour l'exploitant.