La pollution des eaux est devenue chronique et multi-polluants pour de nombreuses masses d'eau française. La mise en oeuvre de la Directive Cadre Européenne sur l'Eau (DCE) prévoyait un retour à un bon état écologique des masses d'eau continentales en 2015, échéance maintenant reportée à 2021. Dans ce contexte réglementaire avec l'obligation de résultats dans des délais imposés et courts et face à une situation fortement dégradée, deux enjeux sont identifiés : - réaliser des états des lieux à l'échelle des bassins, portant sur la gestion de l'azote et du phosphore, pour décrire les pratiques agricoles et leurs impacts, afin d'identifier les pratiques à encourager comme les pratiques à déconseiller, et aussi pour suivre l'évolution de ces pratiques en relation avec ce qui est recommandé et/ou attendu, - contribuer à la recherche de solutions adaptées aux problèmes tels qu'ils se posent globalement et localement dans les situations particulières. Pour cela, les acteurs nationaux et régionaux expriment le besoin d'une compréhension localisée des processus et des relations entre pratiques et impacts sur la qualité de l'eau, le besoin d'accompagner la construction de solutions non seulement à l'échelle de parcelles, ou d'exploitations agricoles mais aussi à l'échelle des territoires ruraux, avec les acteurs institutionnels et/ou locaux de ces territoires. Cette synthèse est le résultat des recherches effectués dans le cadre de l'action n°22 de la convention Onema - INRA 2013-2015 concernent des travaux d'observation, de modélisation, de mise au point d'outils d'aide au diagnostic des pertes de nutriments dans les situations de pollution diffuse agricole, et l'élaboration de programmes d'action à différentes échelles spatiales, de l'échelle nationale à celle de territoires comme les aires d'alimentation de captage (AAC).