La protection de l'eau est devenue un enjeu majeur depuis le renforcement des obligations réglementaires qui imposent le bon état des masses d'eau d'ici 2015. Les gestionnaires de l'eau sont alors contraints de mettre en place des actions préventives, en intervenant sur les pratiques agricoles situées à proximité des captages d'eau potable. Or ces derniers manquent d'expérience pour inciter le changement de ces pratiques sur un territoire. C'est dans ce contexte que le programme de recherche Agriculture Biologique et Périmètre de Captage (ABiPeC), mobilise trois équipes INRA et l'ISARA sur les incitations locales à la conversion en agriculture biologique sur les aires d'alimentation de captage et qu'une étude de six mois a été mise en place à l'INRA de Mirecourt sur le dispositif de protection de l'eau de Lons-le-Saunier, considéré comme un exemple en la matière. Cette étude reconstitue les étapes de construction du dispositif et analyse l'évolution des relations mises en place entre les acteurs. Ce travail a été réalisé par des enquêtes auprès de différentes catégories d'acteurs pour reconstituer les faits et identifier leurs points de vue via une analyse de discours. Les propos recueillis ont permis de comprendre que l'évolution du contexte réglementaire, politique et économique ont régulièrement conduit les acteurs à renégocier le dispositif. Aujourd'hui des tensions entre la ville et les agriculteurs seraient expliquées par l'augmentation du nombre d'acteurs impliqués, qui complexifie les jeux d'acteurs et par le décalage entre eux sur les nouvelles actions à conduire pour protéger l'eau, notamment pour l'agriculture biologique.